פפטידים הקשורים ל- Melanotan-II כוללים בעיקר אנלוגים אחרים של הורמון מגרה של מלנוציטים-. לדוגמה, Melanotan-I חולק רצף חומצות אמינו דומה עם Melanotan-II אך שונה מבחינה מבנית; הוא מפגין פעילות נמוכה יחסית ויציבות גרועה יותר in vivo. מחקרים השוואתיים על המבנה והפעילות של Melanotan-I ו-Melanotan-II עוזרים להבהיר את גורמי המפתח המשפיעים על הפעילות והיציבות של מחלקה זו של פפטידים, ומספקים בסיס תיאורטי לאופטימיזציה נוספת ולפיתוח של אנלוגים חדשים להורמונים מעוררי מלנוציטים-.

בנוסף, ישנם אנלוגים לפפטידים שמקורם בשינויים במבנה Melanotan-II; מדענים שואפים לשפר את הפעילות, לשפר את היציבות או להגביר את סגוליות המיקוד על ידי שינוי רצפי חומצות אמינו, שינוי קבוצות תפקודיות או צימוד מולקולות תפקודיות אחרות. דוגמאות כוללות שילוב של-רצפי פפטיד חודרים של תאים לתוך Melanotan-II כדי להקל על כניסה ופעולה תאית יעילה יותר, או שינוי כימי של חומצות אמינו ספציפיות כדי להאריך את מחצית החיים- של הפפטיד in vivo. מחקר על פפטידים קשורים אלה הוא משמעותי להרחבת היקף יישומי Melanotan-II ופיתוח סוכנים טיפוליים יעילים יותר.