פפטידים הם תרכובות הנוצרות על ידי קישור חומצות אמינו באמצעות קשרים פפטידים; הם תוצרי ביניים של הידרוליזה של חלבונים, עם מבנים מולקולריים המתווכים בין אלו של חלבונים וחומצות אמינו. תרכובת שנוצרה על ידי התייבשות עיבוי של שתי מולקולות חומצות אמינו נקראת דיפפטיד; באופן דומה, ישנם טריפפטידים, טטרפפטידים, פנטפפטידים וכן הלאה. פפטידים הנוצרים ממולקולות מרובות של חומצות אמינו ידועות כפוליפפטידים, בעוד ששרשרות העולה על 50 חומצות אמינו מסווגות כחלבונים.
לדוגמה, הסוכן האנטי-גליקציוני קרנוזין הוא דיפפטיד שנוצר על ידי עיבוי של אלנין ו-L-היסטידין; נוגד החמצון גלוטתיון נוצר על ידי עיבוי רציף של חומצה גלוטמית, ציסטאין וגליצין; ופפטיד הנחושת הכחולה GHK-Cu הוא קומפלקס של טריפפטיד ויון נחושת.